高通量药物筛选的一个基本假设是：只要尝试了足够多的化合物，总能找到一个具有某种生化活性的化合物。筛选的化合物越多，获得具有良好生化活性的先导化合物的机率就越大。因此，一个庞大的化合物库也是高通量筛选不可或缺的部分。药物研发与开发是一个复杂与漫长的过程，特别是小分子药物的研发，其难点和关键在于如何快速高效的找到先导化合物（LeadCompound）。采用高通量药物筛选（High-throughputscreening，HTS）来发现新的先导化合物仍然是小分子药物研发的优先。高通量筛选方法有哪些。广西炎症高通量筛选
然而传统的针对单一靶点的研究方法已经难以适应一些多基因疾病和病毒等相关药物的研究。而基于细胞水平的高内涵筛选(high content screening, HCS)技术实现了对化合物多靶点多参数的同时检测，从疾病相关基因调控通路和网络水平上研究药物的作用机制、代谢途径和潜在毒性等，也使在细胞水平评价活性化合物的成成为可能。从筛选载体上看，HCS和HTS并没有的区别，它的检测体积并未因检测指标增加而增高，操作步骤同样简单可行、可自动化。故HCS在新药研发中发挥越来越重要的作用。广东高通量筛选法高通量筛选技术的应用。
荧光共振能量转移（FRET）是指在两个不同的荧光基团中，如果一个荧光基团（供体Donor）的发射光谱与另一个基团（受体Acceptor）的吸收光谱有一定的重叠，当这两个荧光基团间的距离合适时，就可观察到荧光能量由供体向受体转移的现象，即以前一种基团的激发波长激发时，可观察到后一个基团发射的荧光。常见的供体-受体对之间的有效距离通常为2-6nm，适用于许多蛋白质相互作用。染料通常是有机分子，如与蛋白质偶联的荧光素和罗丹明，或与感兴趣的蛋白质融合的荧光蛋白。
根据计算原理，虚拟药物筛选分为基于小分子结构的筛选和基于药物作用机理的筛选两类，前者通过对已知具有相同作用机理的化合物进行定量构效关系研究，绘制出药物的药效团模型，依照模型对化合物数据库进行搜索，这种筛选技术本质上是一种数据库搜索技术；后者主要应用分子对接技术，实施这种筛选需要获知药物作用靶标的分子结构，通过分子模拟手段计算化合物库中的小分子与靶标结合的能力，预测候选化合物的生理活性。 建立合理的药效团模型、准确测定或预测靶标蛋白质的分子结构、精确和快速地计算候选化合物与靶标相互作用的自由能变化是进行虚拟药物筛选的关键，也是限制虚拟筛选准确性的瓶颈。虽然虚拟筛选的准确性有待提高，但是其快速廉价的特点使之成为发展为迅速的药物筛选技术之一。高通量筛选菌种实验。
细胞活力的测定常用于药物筛选。一种常见且可靠的活力测定为使用荧光素酶催化底物（荧光素）氧化，在ATP依赖性反应中产光来测量ATP含量。我们也常使用如钌、阿拉马尔蓝和四氮唑类化合物（MTT、MTS、XTT和WST-1）等染料通过测定荧光或颜色的变化来测定细胞活力。此外，细胞活力也可以通过细胞内酶（蛋白酶、LDH）在培养基中的释放或通过将不透膜的荧光染料插入DNA（如碘化丙啶）来评估，也可以使用膜渗透性DNA染料对细胞进行计数。细胞活力测定。离子液体高通量筛选。上海小分子高通量筛选
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高通量筛选的特色效用高通量筛选技术是将多种技术方法有机结合而形成的一种新技术体系，它以微板形式作为实验工具载体，以自动化操作系统执行实验过程，以灵敏快速的检测仪器采集实验数据，以计算机对数以千计的样品数据进行分析处理，从而得出科学准确的实验结果和特色效用。英国学者AlanD研究提示，一个实验室采用传统的方法，借助20余种药物作用靶位，1年内能筛选75000个样品；1997年高通量筛选技术发展初期，采用100余种靶位，每年可筛选100万个样品；1999年高通量筛选技术进一步完善后，每天的筛选量就高达10万种化合物。近年来,光学测定技术在美、英两国研究人员在高通量筛选检测中，努力进行了光学测定方法的研究，建立了大量的非同位素标记测定法，如用分光光度检测法筛选蛋白酪氨酸激酶抑制剂、组织纤溶酶原剂等，均获得成功。广西炎症高通量筛选
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