一种发光杂环化合物，存在于生物发光的生物体中，如萤火虫。在含有三磷酸腺苷的情况下，通过荧光素酶氧化脱羧产生光。可用于荧光素酶生物发光成像和细胞高通量筛选应用。D-荧光素（D-Luciferin）是萤火荧光素酶底物，其量子效率为0.88，是Luminol的20倍。反应原理：首先，在镁离子存在下荧光素酶使荧光素与ATP反应，接着它被氧化形成二氧杂环丁烷结构并发出黄绿色的光。Luciferin-luciferase发光用于ATP监控以测定细胞活力以及细菌计数。它还用于报告基因检测。可与小动物***成像系统配套使用，用于标记LUC基因后的体内***荧光检测。D-荧光素游离酸（D-Luciferin,freeacid）、D-荧光素钾盐（D-Luciferin,potassiumsalt）和D-荧光素钠盐（D-Luciferin,sodiumsalt），钾盐、钠盐的形式是**通用的，因为它们都易溶于水。钾盐也是***动物检测使用的主要形式。它们的激发和发射波长分别为328nm和533nm。DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）对活细胞进行多色成像和流式分析。南京荧光染料APC
SuperFluor活化酯（与Invitrogen的AlexaFluor活化酯完全相同）SuperFlour系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH4～10）,更好的抗淬灭性。在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3,Cy5,Cy5.5,Cy7等荧光染料。1．标记效率低——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团少于4mol有以下原因：1）缓冲液中含有痕量伯铵成分，与染料反应降低了标记效率。如果蛋白已经溶于含氨基的缓冲液（如Tris或氨基乙酸），标记前用PBS透析。2）蛋白含量较低(≤1mg/mL)会影响标记效率。3）标记步骤中加入碳酸氢钠的作用是将反应混合物的pH升高至～8，因为在弱碱性环境中标记反应的效率比较高。如果蛋白溶液的缓冲范围在低pH，加入重碳酸盐也无法将pH调节至**适水平。要么加大重碳酸盐的量，要么将缓冲液换成PBS，或用0.1M碳酸氢钠透析等。4）研究显示pH升至9.0～9.4，标记效率和标记速度（只需10min）明显改善。5）不同抗体与荧光团的反应速率不同，染料标记后保留的生物活性程度也不同，因此标准步骤也不是总有比较好的标记结果。为增加标记率，可以对同一样品进行再标记，或减少蛋白的量加大染料的量重新标记。有研究者在室温孵育1小时后再4℃孵育过夜，情况有所改善。广西荧光染料细胞膜Cy3染料的激发峰和发射峰分别在550 nm和570 nm左右。
InvitrogenCy3染料是一种明亮的橙色荧光染料，可使用532nm激光线激发，并使用TRITC（四甲基罗丹明）滤光片组进行可视化。除了免疫细胞化学应用，Cy3染料通常用于标记核酸。发光说明：Cy3荧光团也是亲脂性神经元和长期DiI细胞追踪试剂的基础，该试剂添加烷基尾(≥12个碳）添加到**荧光团上。Cy3染料是用于成像、流式细胞术和基因组应用的蛋白质和核酸结合物的传统橙色荧光标签。它也是经典亲脂性示踪剂DiI及其变体的基础。根据化学结构，Cy3可分为普通Cy3（常简称Cy3）和磺化Cy3（Sulfo-Cy3）。Cy3水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。磺化Cy3是在Cy3的结构基础上磺化的产物，附带2个或3个磺酸根离子。由于磺化效应，磺化Cy3的亮度比Cy3稍亮，荧光稳定性也提高，可赖受更长时间的曝光。磺化Cy3水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。当然，磺化Cy3-NHS也可溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。
其他细胞结构常用染料生物染料在细胞结构和组分鉴定中有着广泛的应用，除细胞膜研究外，我们经常也会对一些其它细胞结构及成分进行探索，例如线粒体、溶酶体、蛋白质、细胞核等，而对于不同的细胞结构有不同的染料进行染色细胞染色神器DAPI+PhalloidinDAPI染色液（DAPIStainingSolution）常用于细胞核染色，可将细胞核染成蓝色。鬼笔环肽（Phalloidin）是细胞骨架的染色神器，罗丹明标记的Phalloidin（TRITC-Phalloidin）可将细胞染成橙红色，DAPI与Phalloidin染色液是研究细胞形态变化时经常用到的两种共染的试剂，染色效果可见A1-E1用TRITC-鬼笔环肽（橙红）染色的细胞骨架免疫荧光图；A2-E2用DAPI（蓝色）染色的细胞核免疫荧光图；A3-E3合并的L929细胞免疫荧光染色图。是S100A16过表达或下调前后PDAC细胞形态的变化。CY7 是一种 CY 染料。CY 为花菁 (Cyanine) 的缩写，是由奇数个甲基单元连接的两个氮原子组成的化合物。
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。Cy3染料的激发峰和发射峰分别在550 nm和570 nm左右，它的荧光肉眼观察很明亮，并且对pH不敏感，在共聚焦显微镜中可以用532nm（肩峰）或者556nm（顶峰）的激光束激发，在普通荧光显微镜中可以用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy3也是Dil等细胞电位追踪剂的母核，所以它是在生物技术中非常有用的荧光染料。在荧光成像时，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽等，它常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。基于荧光图谱的相似性，Cy3可以被TAMRA，TRITC, BODIPY TMR等染料替代，在需要更明亮，更稳定的替代物时，可以考虑使用AF547或者AF555等。染料DiI, DiO, DiD 和 DiR是一类亲脂性荧光染料家族，用于标记细胞膜和疏水性组织。山西高分子荧光染料
花青类荧光染料属于共振染料，其特征在于具有离域电荷的氮原子（两个氮原子）之间的聚甲炔染料。南京荧光染料APC
绿色荧光染料ICG的主要作用吲哚菁绿（IndocyanineGreen，简称ICG）是一种广泛应用于医学和生物领域的荧光染料。它具有独特的化学结构和性质，因此被***用于荧光显像、光热***、生物识别和药物输送等领域。吲哚菁绿的绿色溶解度是其在水中的溶解度，它是衡量该染料在溶液中的溶解能力的重要指标。吲哚菁绿具有较好的水溶性，可以在水中迅速溶解，形成稳定的溶液。这一特性使得吲哚菁绿在医学诊断和***中得到广泛应用。吲哚菁绿的主要作用之一是在医学影像学中作为造影剂。由于其具有强烈的荧光特性，能够在近红外光谱范围内吸收和发射光线，因此被***用于近红外荧光显像技术中。在临床中，医生可以通过注射吲哚菁绿溶液，利用近红外光源对患者进行显像，以观察和评估病变部位的血液灌注情况、淋巴引流途径等。这为医生提供了非侵入性、实时性的影像信息，有助于准确诊断和指导***。此外，吲哚菁绿还在光热***中发挥着重要作用。光热***是一种利用光热效应杀灭肿瘤细胞的方法。吲哚菁绿可以吸收近红外光并将其转化为热能，从而使附近的肿瘤细胞受热破坏。这项技术在*****中具有巨大潜力，因为它可以实现高度精细的***，同时比较大限度地减少对周围正常组织的损伤。南京荧光染料APC
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