RNA免疫沉淀技术(RIP)是一种研究RNA与蛋白质相互作用的重要方法,其应用领域主要包括:
1. 转录后调控研究:RIP技术可以帮助研究者了解RNA在转录后水平如何被调控。
2. 表观遗传调控:RIP技术用于研究RNA结合蛋白(RBPs)在表观遗传调控中的作用。
3. 非编码RNA功能研究:RIP技术可以用来研究长非编码RNA(lncRNA)、miRNA和其他小RNA的种类,以及它们如何与蛋白质相互作用来调控基因表达。
4. RNA病毒研究:RIP技术也可用于研究RNA病毒与其宿主细胞内蛋白质的相互作用,进而了解病毒复制和致病机制。
5. RNA修饰和甲基化研究:RIP技术结合其他技术如m5C-RIP-seq,可用于研究RNA甲基化修饰及其在病理过程中的作用。
6. RNA定位和稳定性:通过RIP技术,研究者可以探索特定RNA在细胞内的定位以及它们如何被稳定或降解。
7. RNA-蛋白质复合物的鉴定:RIP技术可以用来鉴定与特定RNA结合的蛋白质,从而揭示RNA-蛋白质复合物的组成。
8. 疾病相关RNA研究:RIP技术在疾病相关RNA的研究中也有应用。
免疫沉淀技术的实验方法。上海Co IP免疫沉淀选磁珠还是琼脂糖珠
Co-IP(免疫共沉淀)技术主要用于研究蛋白质之间的相互作用,其实验设计如下:
1. 样品准备:Co-IP实验通常有两种,一种是内源性蛋白相互作用验证,一种是非内源性蛋白相互作用验证。内源性相互作用通过质粒共转染的方式将两种蛋白转染至同一细胞内表达;非内源性相互作用则是将含有靶蛋白的组织进行预处理及细胞裂解获得细胞裂解液。
2. 沉淀诱饵蛋白:利用磁珠偶联抗体沉淀诱饵蛋白。在样品中加入磁珠偶联抗体,抗体会与诱饵蛋白结合,利用磁铁将磁珠拉下,同时诱饵蛋白会一起被沉淀出来。
3. SDS-PAGE及WB检测:得到沉淀后,需要验证沉淀中是否存在相互作用蛋白。先利用SDS-PAGE将蛋白复合物分离,随后利用WB检测是否存在靶蛋白。
4. 实验对照设置:为了避免“假阳性”,需要设置正确的对照,包括阴性对照和阳性对照(Input组)。Input组为直接利用抗体对细胞裂解液进行WB检测,验证细胞裂解液中存在蛋白。
5. 结果真实性:确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的,而并非外源非特异蛋白。使用单克隆抗体有助于避免污染的发生。
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“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的结合蛋白,进行小规模的蛋白质亲和纯化的实验。更确切地说,IP是采用固定在微珠支持物(一般是琼脂糖树脂)上的特定抗体,从复杂的混合物中,纯化单一抗原的实验。固定化蛋白质复合物的组装既可以分步进行,也可以一步完成。
常见的加样顺序:抗体和样本(如细胞裂解物)一起孵育,然后加入亲和微珠,用于捕获抗体-抗原复合物。也可以将抗体和微珠(通过抗体结合蛋白,如蛋白A、G或A/G等,直接或间接结合抗体)先进行孵育,然后再加入含有抗原的样本。当抗原、抗体和固相支持物产生结合以后,充分洗涤微珠,再采用适当的洗脱缓冲液从支持物上洗脱抗原。
免疫沉淀纯化所得抗原量低有多种原因,
A. 纯化所得抗原量低
1. 抗原结合水平低
IP 应用中出现低抗原结合水平的可能原因有很多,结合反应所使用的溶液是重要原因之一。必须使用适合的缓冲液,有特定的pH和盐浓度,可能还需要添加互作所需的辅助因子。IP 或Co-IP 中用于纯化的抗体是影响得率的另一个重要因素。如果抗体本身易失活或与抗原结合微弱,则可能很难找到足够温和的条件,即能产生结合,又能保证在孵育和洗涤过程中结合可以稳定保持。
2. 抗原洗脱水平低
在某些情况下,抗原与抗体或结合蛋白结合之间可能会发生极强的相互作用,传统的洗脱缓冲液无法将其破坏。如果需要使用温和洗脱缓冲液收集功能性抗原,则上述矛盾尤为突出。
免疫沉淀技术IP实验步骤。
ChIP(染色质免疫沉淀)实验是一种强大的技术,用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用,尤其是在转录调控、DNA修复、复制以及表观遗传学领域。然而,像所有实验技术一样,ChIP实验也有其优点和缺点。
ChIP实验的优点:
1. 体内反应的反映:ChIP提供了一种在体内研究蛋白质与DNA相互作用的方法,能够真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息。
2. 全基因组覆盖:ChIP技术可以覆盖整个基因组,提供关于蛋白质-DNA相互作用的视图。
3. 适用于多种蛋白质:ChIP可以用来研究组蛋白修饰、转录因子以及其他DNA结合蛋白。
ChIP实验的缺点:
1. 实验步骤繁琐。
2. 需要大量起始材料:ChIP实验通常需要大量的细胞或组织作为起始材料。
3. 交联的影响:使用交联剂可能会改变蛋白质的结构,从而影响抗体的识别和蛋白质-DNA的相互作用。
4. 染色质碎裂的分辨率:染色质碎裂的效率和分辨率直接影响ChIP的准确性,需要优化以获得结果。
5. 抗体质量:抗体的质量对实验结果至关重要,但高质量、特异性强的抗体可能难以获得或成本较高。
免疫沉淀IP抗体的选择?
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染色质免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)技术是目前公认的研究此相互作用的选择,是真核生物基因表达机制研究中不可或缺的技术之一。
它的基本原理是在活细胞状态下,固定蛋白质-DNA(染色质)复合物,并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法(抗体亲和)沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的 DNA,通过对目的片段的纯化与后期检测,从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。
这项技术通过蛋白质与DNA互作来分析目标基因活性以及已知蛋白质的靶基因,被广泛应用于体内转录调控因子与靶基因启动子上特异核苷酸序列结合方面的研究。该技术常与DNA芯片和分子克隆技术相结合。
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