在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。D-荧光素是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，可催化萤火虫产生典型的黄绿色光。河南重庆荧光染料
第二种***使用的DNA染色方法是Hoechst染料，**初由化学公司HoechstAG生产。Hoechst33258、Hoechst33342和Hoechst34580都是邻苯二甲酰亚胺，具有向A-T富集区插入的趋势，因此后者不常使用。与DAPI相似，此类染料受到紫外线激发并在455nm下发射比较大值，在无结合状态下变为510–540nm。Hoechst染料还具有细胞渗透作用，因此可用于固定细胞和活细胞。与DAPI不同是，Hoechst染料毒性更低。DNA染色剂碘化丙啶无法透过细胞膜。在细胞培养中，因为该染色剂无法进入完好的细胞内，所以常常被用来区分活细胞和死细胞。碘化丙啶也是一种结合剂，但对不同的碱基没有特异性。在核酸结合态下，其比较大激发波长为538nm，比较高发射波长为617nm。未结合状态下碘化丙啶的比较大激发和发射被移到较短的波长和较弱的强度。它也可以在不改变其荧光特性的情况下与RNA结合。要区分DNA和RNA，必须使用足够的聚合酶。水溶荧光染料激发吲哚菁绿的主要作用之一是在医学影像学中作为造影剂。
荧光染料在细胞实验中具有广泛的应用1、细胞膜标记：可以使用荧光染料标记细胞膜，以观察和研究细胞膜的动态和结构变化。2、染色体和DNA标记：用荧光染料标记染色体或DNA，可以观察和分析DNA复制、转录、修复等过程3、蛋白质标记：通过荧光染料标记蛋白质，可以研究蛋白质的相互作用、定位和运动等特性。4、细胞器标记：使用特定波长的荧光染料可以标记和可视化细胞中的线粒体、溶酶体等细胞器。5、神经科学应用：荧光染料在神经科学中也有广泛应用，如标记神经元和突触，观察神经信号的传递等。6、基因表达分析：通过荧光染料标记基因表达产物，可以定量分析基因的表达水平和细胞中的分布情况。
染料DiI, DiO, DiD 和 DiR是一类亲脂性荧光染料家族，用于标记细胞膜和疏水性组织。这是一类环境敏感型荧光染料，当它们与膜结合或者与亲脂性生物分子(例如蛋白质，虽然在水中其荧光强度很弱)结合时，其荧光强度***增强。它们具有很高的淬灭系数，偏光依赖性和很短的激发寿命。一旦应用于细胞中，这种染料会在细胞内质膜中逐步扩散，导致在其比较好浓度条件下，将整个细胞染色。它们不同的荧光颜色：DiI（橙色荧光）、DiO（绿色荧光）、DiD（红色荧光）、DiR（深红色荧光），为活细胞多色彩荧光成像分析和流式细胞术提供了一种便捷的工具。DiO和DiI可以分别与标准的FITC和TRITC滤光器一同使用。其中，DiO可以被633 nm He-Ne激光激发，并且具有比DiI更长的激发和发射光波长，为标记细胞和组织的那些本身就具有本底荧光的染料提供了非常***的替代品。DiR在***成像或者示踪中非常有用，因为它们所发射的红外光可以高效地穿过细胞和组织，并且在红外光范围内，其本底荧光水平很低。PI是一种可对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放红色荧光。
二、***成像分析：D-荧光素，钾盐，D-PBS,不含钙、镁1、配制溶液使用无菌D-PBS（w/oCa2+;Mg2+）配制D-荧光素钾盐溶液（15mg/ml），0.22µm滤膜过滤除菌（避光），分装后于-20℃或-80℃冷冻保存，避免反复冻融。使用时4℃融化，实验前平衡至室温（避光）2、注射量取决于注射方式，具体如下：注射方式剂量静脉注射（25-27gauge针头）按10µl/g体重浓度，加入相应体积的15mg/ml荧光素工作液腹腔注射（25-27gauge针头）按10µl/g体重浓度，加入相应体积的15mg/ml荧光素工作液肌肉注射（27gauge针头）50µl，浓度为1-2mg/ml荧光素工作液鼻内注射（pipette）50µl，浓度为3mg/ml荧光素工作液3、注射入体内10-20min（待光信号达到**强稳定平台期），再进行成像分析羰花青染料用作 Di 来标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。湖北荧光染料Fluor 680
CY7.5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。河南重庆荧光染料
选择荧光染料时要考虑那些因素：激发波长处的消光系数应尽可能高：消光系数是衡量可以吸收多少光子的量度。量子产率应该尽可能高：这是吸收光子与发射光子的比率。消光系数和量子产率的乘积就是亮度。荧光染料应该是光稳定的：遗憾的是，比较不同公司染料的光稳定性的研究并不多。光致变色行为：对于STORM实验，您需要一个闪烁的荧光团。但是，对于分子跟踪实验，您***不想要闪烁的荧光团。活/死细胞渗透性。您想要的反应侧基（例如HaloTag、抗体等）。当您使用多个荧光探针时，尤其是当您量化共定位时，请谨慎处理其他颜色通道中的渗色。单独测试所有荧光探针以评估渗透。河南重庆荧光染料
