荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、**基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记**常用的染料有异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)、藻红蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。吲哚菁绿在生物识别和药物输送方面也有广泛的应用。新疆郑州荧光染料
三、流式细胞仪分析1、取对数生长期的细胞，接种到孔板，过夜培养。2、如果要进行药物刺激，在细胞中加入感兴趣的药物进行干预，继续培养一定时间后，收集细胞，PBS清洗2次。3、加入Rhodamine123工作液重悬细胞，37℃避光孵育15min或更长时间。【注意】：由于细胞种类和实验体系不同，Rhodamine123工作液浓度和孵育时间可以根据预实验或参考文献自行调整。4、用流式细胞仪检测。
四、实验案例1、取对数生长期A549细胞接于六孔板（1*106+2mlDMEM培养基）,37℃培养箱培养4-24h待其贴壁，以便后续实验操作.2、弃掉培养液，PBS洗涤两次.3、用培养基（无血清）稀释Rh123母液制备1～20µMRh123工作液。具体工作浓度取决于细胞类型和细胞浓度。4、将Rh123工作液加入六孔板并在37℃下孵育30分钟.5、去除Rh123工作液并用PBS洗涤三次细胞去除背景色.6、荧光显微镜观察. 新疆郑州荧光染料荧光素的衍生物包括异硫氰酸荧光素、俄勒冈绿和羧基萘并荧光素等。
3.粘壁细胞的染色（1）使粘壁的细胞在无菌实验室培养。（2）从培养基中移走盖玻片，吸走过量培养液，将盖玻片放在潮湿的环境中。（3）在盖玻片的一角加入100μL的染料工作液，轻轻晃动使染料均匀覆盖所有细胞。（4）在37℃培养细胞2～20分钟，不同的细胞比较好培养时间不同。（5）吸干染料工作液，用培养液洗盖玻片2～3次，每次用预温的培养基覆盖所有细胞，培养5～10分钟，然后吸干培养基。
4.显微镜检测（1）DiD，DiO，DiI，DiR和DiS滤光器的选择参见表1。（2）多色染料的同时检测，滤光器按照以下设定：a)DiI和DiO＝OmegaXF52，Chroma51004；b)DiI和DiD＝OmegaXF92，Chroma51007；c)DiI，DiO和DiD＝OmegaXF93，Chroma61005
5.流式细胞仪的检测DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染色的细胞可以分别用经典的FL1，FL2，FL3和FL4流式细胞仪检测。
罗丹明属于呫吨族。与市场上的许多其他染料相比，罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。它们在聚合物纳米粒子表面的表征、聚合物-生物偶联物的检测、活细胞的成像以及寡核苷酸在胶乳上的吸附分析等方面特别有用。罗丹明荧光染料的衍生物也用作：分子开关，病毒表面修饰，化学传感器，硫醇。不同类型的染料通过它们各自的取代基（R1、R2、R3、R4和G）来区分。由于它们的差异，这些荧光染料在溶液中也表现出不同的光物理特性（例如不同的荧光寿命和发射比较大值）。氨基被刚性化的罗丹明染料无论温度范围如何都表现出高量子产率，而在每个氮处具有两个烷基取代基的那些表现出活化的内部转化，量子产率和荧光寿命随温度的变化而变化。罗丹明101和罗丹明B是一些**常用的罗丹明染料具有以下特点：--羧基倾向于在酸性溶液中质子化--染料转化为两性离子碱性溶液--两性离子染料在极性较小的有机溶剂中变为无色内酯要将罗丹明用作荧光探针，必须对其进行修改。这可以通过(thexanthenemoiety)氨基、羧基苯基环或羧酸基团的修饰来实现。与TRITC一样，罗丹明(NHS-rhodamine)的荧光特性为544nm（比较大吸收波长）和576nm（比较大发射）。D-荧光素钾盐荧光染料。
Cy7DiC18（DiR）是一个亲脂性、近红外荧光花青染料。这个染料常用于标记细胞质膜。Cy7DiC18（DiR）的两个18-碳链插入到细胞膜，从而进行特定的、稳定的细胞染色，几乎不会发生细胞间的染料转移。Cy7DiC18（DiR）（近红外荧光）和其他细胞膜荧光染料如DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）配合使用，为多色成像和流式细胞分析提供了有效的工具。Cy7DiC18（DiR）染色后可进行多聚甲醛（不可使用甲醇等其他试剂）的固定，但不建议在染色后进行透化的过程。此外，在固定透化（室温下用0.1%TritonX-100透化）后，也可以很好地进行质膜染色。
1、Cy7DiC18（DiR）染色固定的细胞或组织样品时，通常使用配制在PBS中的4%多聚甲醛进行固定，使用其它不适当的固定液会导致荧光背景较高。
2、为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。 脂溶性荧光染料cy3、cy5、cy7等。中国香港荧光染料脂溶
Cy5.5含有一个游离胺基,可与多种官能团共轭,包括NHS酯和环氧化合物。新疆郑州荧光染料
DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。当与细胞膜结合后其荧光强度**增强，这类染料有着很高的淬灭常数和激发态寿命。一旦对细胞染色，这类染料在整个细胞膜上扩散，比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。它们的荧光颜**分明显：DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）这使得他们可以用来对活细胞进行多色成像和流式分析。DiI和DiO可以分别用标准的 FITC和TRITC的滤光片。DiD可以用 633 nm He–Ne 激光器激发，有着比DiI更长的激发波长和发射波长，在细胞和组织染色中更有价值。 DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在***成像中用来示踪。新疆郑州荧光染料
