异硫氰酸荧光素(FITC)是一种有机荧光染料，目前，这种荧光染料仍用于免疫荧光和流式细胞术中。在495/517nm处，该染料会产生激发/发射峰值，并可借助异硫氰酸盐反应基团与不同抗体结合，该基团可以和蛋白质上的氨基、巯基、咪唑、酪氨酰、羰基等基团相结合。而它的基本成分——荧光素，其摩尔质量为332g/mol，常被用作荧光示踪剂。FITC(389g/mol)是用于荧光显微镜技术的首批染料，且其被当成AlexaFluor®488等后续荧光染料的发端。该染料的荧光活性取决于它的大共轭芳香电子系统，而该系统受蓝色光谱中的光所激发。经常与FITC同时使用的另一种染料是与其相似的TRITC[四甲基罗丹明-5(6)-异硫氰酸]。与FITC相反，TRITC并非荧光素，而是罗丹明家族的衍生物。罗丹明也具有一个大的共轭芳香电子系统，正是该系统引发了它们的荧光行为。还有一点与FITC相反，TRITC(479g/mol)由比较**长为550nm的绿色光谱中的光所激发，它的比较大发射波长为573nm。与蛋白质（例如，抗体）结合也基于异硫氰酸盐反应基团。CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。上海荧光染料ICG
Cy7DiC18（DiR）是一个亲脂性、近红外荧光花青染料。这个染料常用于标记细胞质膜。Cy7DiC18（DiR）的两个18-碳链插入到细胞膜，从而进行特定的、稳定的细胞染色，几乎不会发生细胞间的染料转移。Cy7DiC18（DiR）（近红外荧光）和其他细胞膜荧光染料如DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）配合使用，为多色成像和流式细胞分析提供了有效的工具。Cy7DiC18（DiR）染色后可进行多聚甲醛（不可使用甲醇等其他试剂）的固定，但不建议在染色后进行透化的过程。此外，在固定透化（室温下用0.1%TritonX-100透化）后，也可以很好地进行质膜染色。
1、Cy7DiC18（DiR）染色固定的细胞或组织样品时，通常使用配制在PBS中的4%多聚甲醛进行固定，使用其它不适当的固定液会导致荧光背景较高。
2、为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。 四川长沙荧光染料荧光素的衍生物包括异硫氰酸荧光素、俄勒冈绿和羧基萘并荧光素等。
琥珀酰亚胺酯（Succinimidylesters）/NHS酯活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质，肽，胺修饰的寡核苷酸和其他生物分子上的游离氨基（-NH2）2、马来酰亚胺（Maleimides）活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质和肽上的巯基3、叠氮化物(Azides)活性荧光染料通过点击化学法（Click）标记乙烯基4、炔烃(Alkynes)活性荧光染料通过点击化学方法标记叠氮化物5、羧酸(Carboxylicacids)活性荧光染料经碳二亚胺预活化后用于标记胺或用于醇的Steglich酯化6、氨基(Amines)活性荧光染料具有游离氨基的荧光染料，用于与各种亲电子化合物（如活化的酯和环氧化物）偶联。
本质上，有机染料的特征在于源自在整个生色团上离域的光学跃迁或源自分子间电荷转移跃迁（从激发电子态的分子内电荷转移）的发射。在这里，表现出源自在整个生色团上离域的光学跃迁的发射的染料被称为共振染料（介观染料），而后者被称为CT染料（电荷转移染料）。花青、罗丹明和荧光素是一些最常见的共振染料，其特点是窄的吸收和发射带（略微结构化），往往相互镜像，以及小的、对溶剂极性不敏感的斯托克斯位移。另一方面，CT染料包括香豆素和丹磺酰荧光团等染料，其特点是与共振染料相比，吸收和发射带结构无结构，分离良好，以及更大的斯托克斯位移。同样，与共振染料相比，CT染料具有更小的摩尔吸收系数和荧光量子产率。对于共振和CT荧光染料，在结构-性质关系众所周知的情况下，可以通过精心设计的策略来微调光谱性质。FITC荧光染料标记方法。
Cy5:激发波长633/635nm，比较大发射波长670nm。1)其标记的抗体适用于所有配备633nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL4通道检测;3)适用于荧光显微镜技术;4)同样为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于APC。5)与单核和粒细胞非特异性结合多，易出现假阳性结果。
5、PE:激发波长488nm，比较大发射波长575nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氯离子激光器的流式细胞仪:2)在流式细胞仪的FL2通道检测;3)其荧光泯灭性强，不适用于传统的荧光显微镜技术，但适用于激光共聚焦显微镜技术。
6、PE-TR:激发波长488nm，比较大发射波长615nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。
7、PE-AlexaFluor610:激发波长488nm，比较大发射波长628nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)荧光强度高;3)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。 PI是一种可对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放红色荧光。免疫组化荧光染料APC
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor系列（效果同Alexa Fluor 系列）。上海荧光染料ICG
SuperFluor活化酯（与Invitrogen的AlexaFluor活化酯完全相同）SuperFlour系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH4～10）,更好的抗淬灭性。在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3,Cy5,Cy5.5,Cy7等荧光染料。1．标记效率低——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团少于4mol有以下原因：1）缓冲液中含有痕量伯铵成分，与染料反应降低了标记效率。如果蛋白已经溶于含氨基的缓冲液（如Tris或氨基乙酸），标记前用PBS透析。2）蛋白含量较低(≤1mg/mL)会影响标记效率。3）标记步骤中加入碳酸氢钠的作用是将反应混合物的pH升高至～8，因为在弱碱性环境中标记反应的效率比较高。如果蛋白溶液的缓冲范围在低pH，加入重碳酸盐也无法将pH调节至**适水平。要么加大重碳酸盐的量，要么将缓冲液换成PBS，或用0.1M碳酸氢钠透析等。4）研究显示pH升至9.0～9.4，标记效率和标记速度（只需10min）明显改善。5）不同抗体与荧光团的反应速率不同，染料标记后保留的生物活性程度也不同，因此标准步骤也不是总有比较好的标记结果。为增加标记率，可以对同一样品进行再标记，或减少蛋白的量加大染料的量重新标记。有研究者在室温孵育1小时后再4℃孵育过夜，情况有所改善。上海荧光染料ICG
