二代测序—全外显子测序的优势
针对性强:它主要聚焦于基因组中编码蛋白质的区域,这部分区域虽然只占整个基因组的 1 - 2% 左右,但包含了大部分与疾病相关的突变。例如,在研究孟德尔遗传病时,很多致病突变都位于外显子区域,通过全外显子测序可以更高效地找到这些突变。
成本效益高:相比于全基因组测序,全外显子测序的成本相对较低。因为它不需要对整个基因组(包括大量的非编码区域)进行测序,在一定程度上减少了数据量和测序成本,同时又能获取大部分有重要功能意义的遗传信息。 二代测序产出的数据量有多少?天津嘉安健达二代测序
什么样本可以做二代测序?③
细胞样本
培养细胞:包括各种原代培养细胞和细胞系。在基础医学研究中,对培养的细胞进行测序可以了解细胞的基因特征和功能变化。例如,在研究细胞信号转导通路时,对经过特定刺激处理的培养细胞进行转录组测序,以分析基因表达的上调或下调情况。
脱落细胞:如痰液中的脱落细胞、尿液中的脱落细胞等。这些细胞可以用于某些疾病的筛查。例如,在肺*筛查中,对痰液中的脱落细胞进行基因检测,通过二代测序寻找肺*相关的基因突变,作为一种非侵入性的检测方法。 西藏二代测序分析二代测序需要分析吗?
什么样本可以做二代测序?④
4、口腔样本
口腔拭子:通过刮取口腔黏膜细胞来获取样本。口腔拭子采集方便、无创,可用于DNA提取和基因检测。例如,在法医鉴定中,口腔拭子是常用的样本来源,用于个体身份识别和亲子关系鉴定等;在一些大规模的人群基因筛查项目中,也可以使用口腔拭子来收集样本。
5、粪便样本
粪便中含有肠道微生物、肠道上皮细胞等成分。对粪便样本进行宏基因组测序,可以研究肠道微生物群落的组成、功能和多样性。例如,在肠道疾病(如炎症性肠病、结直肠*等)的研究中,分析粪便中微生物群落结构的变化,以及微生物基因的表达情况,有助于了解疾病的发病机制和寻找潜在的生物标志物。
二代测序—全外显子测序的原理是什么?
全外显子测序主要是利用序列捕获技术,将基因组 DNA 中的外显子区域富集起来,然后通过高通量测序技术(如第二代测序技术 Illumina 测序平台)对富集后的外显子 DN**段进行测序。其大致步骤包括 DNA 提取、片段化、文库构建、外显子捕获、测序和数据分析等。例如,在文库构建过程中,将提取的基因组 DN**段化后,在片段两端连接上特定的接头序列,这些接头序列可以用于后续的扩增和测序反应。然后通过与外显子区域互补的寡核苷酸探针,将外显子片段从全基因组 DNA 文库中 “捕获” 出来,经过清洗去除未结合的 DN**段后,对捕获的外显子文库进行大规模的平行测序。 16s测序是二代测序吗?
二代测序——基因组测序该测几个G?③
基因组测序所需的测序量通常用数据量来衡量,一般以 G 为单位,不同的测序目的和基因组类型所需要的测序量有所不同。
微生物基因组测序细菌基因组:
细菌基因组
相对较小,一般在1M-10M之间,测序深度通常在50X-100X左右,数据量在0.05G-1G左右即可满足基本的基因组组装和变异检测需求。
***基因组:***基因组大小差异较大,从几M到上百M都有。对于较小的***基因组,测序深度在30X-50X左右,数据量在0.1G-5G之间;而对于较大的***基因组,可能需要适当降低测序深度至10X-20X,数据量在1G-20G左右。 单细胞测序属于二代测序吗?湖北嘉安健达二代测序流程
二代测序即高通量测序技术。天津嘉安健达二代测序
二代测序——RNA甲基化的概念、作用和检测方法
RNA 甲基化概念及位置:RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基团,其中 N6 - 甲基腺苷(m6A)是最常见的一种 RNA 甲基化修饰形式,它主要发生在 mRNA(信使 RNA)的腺嘌呤(A)残基上。
作用
1、影响 RNA 的稳定性:m6A 修饰可以影响 mRNA 的稳定性。例如,一些带有 m6A 修饰的 mRNA 更容易被降解,从而调控基因表达的时间和水平。2、调节 RNA 的剪接和翻译:m6A 修饰还能够调节 mRNA 的剪接过程,影响不同转录本的生成。同时,它也可以在翻译水平上发挥作用,影响蛋白质合成的效率。
检测方法
甲基化 RNA 免疫沉淀测序(MeRIP - Seq):这种方法主要是利用特异性识别 m6A 修饰的抗体,对 RNA 进行免疫沉淀富集,然后通过高通量测序来鉴定 m6A 修饰的位点和水平。 天津嘉安健达二代测序
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