WES测序的特点和优势
针对性强:外显子是基因中编码蛋白质的序列,与遗传特征和疾病密切相关。WES专注于测序这些区域,能高效筛选致病基因变异,可检测到所有外显子区域的突变,包括已知的致病突变和可能导致疾病的未知突变。
经济高效:外显子区域*占全基因组1%左右,相比全基因组测序,WES测序成本更低、所需的测序深度较低,可以更快速地完成测序过程,减少测序成本和检测周期。
检测灵敏度高:能够一次性检测大量的基因突变,可检测到低频率(1%)的变异,如肿瘤细胞中的体细胞突变,对于单基因遗传病、复杂疾病和罕见病等的诊断具有较高的灵敏度和准确性。
数据量和分析难度适中:相比于全基因组测序,WES数据量小,分析、存储相对简单,加速功能性变异的识别,更易于进行生物信息学分析和临床解读。 二代测序的工作原理是什么?山东嘉安健达二代测序提供
二代测序—全外显子测序的优势针对性强:它主要聚焦于基因组中编码蛋白质的区域,这部分区域虽然只占整个基因组的1-2%左右,但包含了大部分与疾病相关的突变。例如,在研究孟德尔遗传病时,很多致病突变都位于外显子区域,通过全外显子测序可以更高效地找到这些突变。成本效益高:相比于全基因组测序,全外显子测序的成本相对较低。因为它不需要对整个基因组(包括大量的非编码区域)进行测序,在一定程度上减少了数据量和测序成本,同时又能获取大部分有重要功能意义的遗传信息。甘肃二代测序公司高通量测序是二代测序吗?
二代测序—全外显子测序的原理是什么?全外显子测序主要是利用序列捕获技术,将基因组DNA中的外显子区域富集起来,然后通过高通量测序技术(如第二代测序技术Illumina测序平台)对富集后的外显子DN**段进行测序。其大致步骤包括DNA提取、片段化、文库构建、外显子捕获、测序和数据分析等。例如,在文库构建过程中,将提取的基因组DN**段化后,在片段两端连接上特定的接头序列,这些接头序列可以用于后续的扩增和测序反应。然后通过与外显子区域互补的寡核苷酸探针,将外显子片段从全基因组DNA文库中“捕获”出来,经过清洗去除未结合的DN**段后,对捕获的外显子文库进行大规模的平行测序。
什么是chip-seq?
Chip-seq即染色质免疫共沉淀测序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一种结合染色质免疫共沉淀(ChIP)技术与高通量测序(NGS)的分子生物学技术,可在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区段。以下是具体介绍:
技术原理
染色质固定:使用甲醛等试剂交联细胞内的蛋白质和DNA,使蛋白-DNA相互作用的复合物固定,从而保留它们在体内的结合状态。
染色质片段化:采用超声波或酶切的方法将染色质剪切成适合测序的小片段,通常片段大小在200-500bp范围内。免疫共沉淀:利用特异性抗体富集与目标蛋白结合的DNA片段,通过抗体与目标蛋白的特异性结合,将蛋白-DNA复合物沉淀下来。
交联逆转与DNA提取:通过加热或化学方法逆转蛋白-DNA交联,使DNA与蛋白质分离,然后提取并纯化DNA。
文库构建与高通量测序:对纯化的DNA片段进行测序文库制备,在DNA片段两端连接特定的寡核苷酸接头,随后在高通量测序平台上进行测序。
数据分析:包括序列比对,将测序读段映射到参考基因组;峰值调用,识别蛋白质结合的富集区域;功能注释,分析峰的位置和功能等。 二代测序广泛应用于医学研发。
关于二代测序的简介:二代测序技术(Next-GenerationSeguencing,NGS)也称为高通量测序技术,是一种能够同时对数百万甚至数十亿个DNA片段进行测序的方法。与传统的桑格测序相比二代测序技术具有高通量、高准确性、高灵敏度和低成本等优势。二代测序技术在大幅提高了测序速度的同时,大幅度的降低了测序成本,保持了高准确性,以前完成一个人类基因组的测序需要3年时间,而使用二代测序技术则需要1周,但其序列读长方面比起一代测序技术则要短很多,大多只100bp-150bp。单细胞测序属于二代测序吗?吉林嘉安健达二代测序
二代测序广泛应用于基因组学研究。山东嘉安健达二代测序提供
二代测序的操作流程有哪些?1.DNA提取与质检·纯净、足量、质量好的样本DNA是检测成功的基础(可以来源于血浆、新鲜组织等)2.DNA处理→文库构建·得到统一长度区间+有接头的DNA片段·步骤:DNA打断→末端修复→片段筛选→加A尾→接头连接→PCR3.靶向捕获·特定区域基因的定向检测4.上机测序·根据通量情况选择测序仪·上样后机器完成5.数据分析·初级分析:光强数据(不同荧光标记碱基)→序列信息(AGCT)·二级分析多仪器自带·三级分析vcf文件可diy山东嘉安健达二代测序提供