常见的二代测序类型②
靶向测序:聚焦于特定的基因或基因区域进行重点测序,如对已知与某种疾病相关的基因**测序,具有成本低、效率高、数据解析简单等优点,广泛应用于疾病诊断、药物靶点筛选和临床个体化***等.
微生物基因组测序:用于检测和分析环境、人体或其他样本中的微生物群落的基因组组成,可了解微生物多样性、功能及与宿主相互作用,在微生物生态学、传染病诊断、环境科学等领域有重要应用.
甲基化测序:主要研究DNA甲基化修饰情况,对基因表达调控等有重要意义,通过检测甲基化水平变化,可探究疾病发***展机制、寻找生物标志物及药物靶点等. 二代测序的特征是高通量,降低了测序成本的同时,还大幅提高了测序速度。静安区哪里有二代测序公司
常见的二代测序平台有哪些?
二、IonTorrent系列
包括Proton/PGM等型号,其技术基于半导体芯片,可检测DNA聚合反应中释放的氢离子,从而实现对DNA序列的测定,通量适中,测序速度快,适用于快速检测和一些临床诊断应用,如病原体检测等.
华大智造系列DNBSEQ-T7/T20:通量高,能够快速完成大量样本的测序工作,适用于大规模的基因组学研究和临床检测项目,如群体基因组测序、**基因突变检测等.MGISEQ-2000:性能稳定,可提供准确可靠的测序数据,在转录组测序、全基因组甲基化测序等多种应用场景中都有良好表现.
赛纳生物S100利用流式荧光发生测序化学技术和ecc纠错编码测序技术,将测序精度提升至Q40,可检出0.1%低频突变,在bitseq简并测序模式下,**快6.5小时完成基因测序,适用于未知病原微生物等亟需快速检测的场景. 徐汇区二代测序公司基因组重测序是二代测序吗?
WES测序
局限性
检测范围有限:无法检测外显子间区域和非编码序列区域的变异,也不能覆盖整个基因.
对某些变异不敏感:在检测重复序列扩增、G-富集区域和GC含量高的区域等变异时,效果可能不佳.
应用
遗传病诊断与研究:可诊断病因不明的遗传病,明确致病突变,还能用于产前诊断,辅助家庭生育决策.
**研究:助力**基因突变检测,为**的早期诊断、***方案制定及预后评估提供依据.
药物基因组学:检测结果可指导医生选择靶向药物或进行基因***,实现精细医疗.
二代测序用于蛋白组测序的发展前景?
多组学整合更紧密:未来二代测序与蛋白组测序会和其他组学技术(如代谢组学、表观基因组学等)进一步深度整合,从多个层面***地解析生命活动分子机制,例如在疾病研究中,综合分析基因转录、蛋白质表达及代谢产物变化等,为疾病的早期诊断、精细***提供更完善的依据。
技术优化提升准确性:一方面,二代测序技术自身会不断改进,提高测序的准确性、降低错误率,并且在通量上可能进一步提升;另一方面,和蛋白组测序衔接的相关流程和分析方法也会不断优化,从而更精细地从转录组信息转化为可靠的蛋白组信息,推动蛋白组测序领域的发展。 二代测序读长方面比一代测序短很多。
二代测序的建库步骤①样本准备样本采集:根据研究目的采**适的样本,如血液、组织、细胞等。例如,在**研究中,可能会采集**组织和对应的正常组织。对于血液样本,一般采用静脉穿刺采集外周血,收集在含有抗凝剂(如EDTA)的**管中,以防止血液凝固。组织样本则需要在合适的条件下尽快处理,以保持核酸的完整性。如果是新鲜组织,可将其置于液氮中速冻,然后保存在-80℃冰箱中。核酸提取:从样本中提取高质量的DNA或RNA。对于DNA提取,常用的方法有酚-氯仿抽提法和商业化的DNA提取试剂盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白质变性,离心后使DNA处于水相,从而实现分离。试剂盒则是基于吸附柱的原理,DNA在特定的缓冲液条件下吸附在硅胶膜上,经过洗涤和洗脱步骤得到纯净的DNA。RNA提取过程中,需要特别注意防止RNA酶的污染,因为RNA酶***存在且很稳定,容易降解RNA。一般会使用含有RNA酶抑制剂的试剂,如焦碳酸二乙酯(DEPC)处理水来配制试剂,并且操作过程要在无RNA酶的环境中进行,如使用无RNA酶的***头和离心管。常用的RNA提取方法是Trizol法,Trizol试剂可以同时破碎细胞并使RNA与蛋白质和DNA分离,然后通过氯仿抽提、异丙醇沉淀等步骤得到RNA。二代测序广泛应用于基因组学研究。上海嘉安健达二代测序原理
在基因组研究方面,二代测序能够分析生物体的整个基因组,促进遗传变异、基因表达和基因组结构的研究。静安区哪里有二代测序公司
二代测序——微生物基因组应用领域
环境领域
环境微生物监测:对土壤、水体等环境中的微生物群落进行监测。通过二代测序微生物基因组,可以了解环境微生物的多样性和功能。例如,在监测土壤污染修复过程中,对土壤微生物基因组进行测序,可以发现能够降解污染物的微生物种类和相关功能基因,评估修复效果。
生态系统功能研究:研究微生物在生态系统中的功能,如碳、氮循环等。微生物基因组中的功能基因参与了这些生态过程。例如,通过测序可以找到参与氮固定的微生物基因,了解在不同生态系统(如农田、森林等)中这些基因的分布和活性,从而更好地理解生态系统的氮循环机制。 静安区哪里有二代测序公司