首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。
生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品（果实）运输，促进植物生根等。
微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。 纯植物源原料，能明显促进作物的生长发育，有利于作物增产。西安花椒微生物菌剂阶格
行业混乱，缺乏规范和标准
我国微生物菌剂（菌肥）存在的问题主要为以下几点：行业小散乱，缺规范；科研天很高，脚微软；产品品种多，不成片；宣传高大全，净优点；代理利不小，上量难；农民不会用，怕受骗。同时，菌剂增长困难问题表现主要有：1.***，代替所有肥被神化；2.流于形式，零售800元，被俗化；3.叫好不叫座，农民接受困难，被虚化；4.即将被植物生长刺***取代的说法，被衰化。总的来说，微生物菌剂的问题是行业过于混乱，缺乏规范的标准和市场环境。 官方微生物菌剂销售厂有机肥和化肥施用的比列失衡造成土壤团粒结构的破坏和土壤微生物环境的改变。
由于长期使用化学肥料，我国的土壤已经不再“健康”，土壤性状恶化、土地板结、土壤酸化、盐渍化、土壤微生物多样性被破坏等问题越来越突出，并直接导致了土壤贫瘠、地力衰竭等问题，影响了农业的可持续发展。在土壤生态如此恶劣的形势下，在改良土壤、提升地力、改善土壤生态环境、提高农作物产量和品质方面有着重要作用的微生物菌剂迎来发展机遇。
微生物菌剂正确定位属于特肥产品
农用微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化扩繁后加工制成的活菌制剂。它具有直接或间接改良土壤，恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解0、有害物质等作用，应用于农业生产，通过其中所含有的微生物的生命活力，增加根际养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌剂方兴未艾，为了更好的发展中国微生物菌剂事业，倡议成立跨行业产业***，服务农民。改变西医的思路，用中医思路发展农资，建立保赢（营），要（药）肥产业***——中国农业缺少的不仅*是好药材，更需要的是好医生，让病人自己选药配药已到极限。
中国菌剂未来发展具体要怎么走？生产厂家要有真功夫做产品，科研机构要下功夫研发，经销商要下大功夫做好推广，内功配外联，科研加宣传，做好功夫肥，**终农民才能真正省功夫，实现增产增收。 微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。
市场鱼龙混杂，真假难辨，劣币驱逐良币的现象还是不少的，农户不会拿种植的东西开玩笑，需要好的人员来推广，很多不良厂家生产的伪劣产品损害了农户利益，农户不再相信，很多厂家重视生产，不重视推广，想推广找不到***推广人员，导致微生物菌剂在国内很难以推广，这都是为什么微生物菌剂或者说其他新产品很难铺展开的原因。
微生物菌剂是技术含量较高的精细化产品，它的使用相对而言更值得考究。
尤其是推广人员，更应该把握好微生物菌剂的应用技术。如果技术推广人员，简单的随水冲施，灌根之类的，他的试验示范很可能事倍功半，大部分这样做的企业试验示范开始时看到效果，但后期就没什么区别了，因为并未切实了解微生物菌剂的作用条件和使用条件，包括他们推广不同方向的使用方式都是有差别的。
各种菌肥的详细名称:这个名称大伙应该听说过，不过这个具体作用，未必都清楚吧，下面咱来看看。重庆花椒微生物菌剂
大量的镉、砷、铬、铅等重金属沉积在土壤中，导致土壤受到严重污染。西安花椒微生物菌剂阶格
保质期内产品质量变化大等，导致应用效果的不稳定。
菌剂生产日期是下半年的话，厂家工艺不合格，很多液体包装或者桶装很多产品会出现胀气，胀气是因为微生物是***，在发酵时是在桶里面添加适宜微生物生长的有机质，完成自身定殖，数量成基数的增长，出灌包装成成品，发到市场上一定要使微生物处于休眠状态。休眠状态时间长短，一方面与营养物质浓度有关，另外还跟接触的外界温度，菌剂抗逆活性有很大关系，国外比较好的成品，有效期能达到5年左右，国内一般在两到三年。
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