有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌**适温度，土壤含水量是60～70%左右。 肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。贵阳质量生物菌肥
首先，要选择正规厂家的产品。具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；
其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T798-2015；
再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数液体含量要≥2亿/克颗粒的要≥1亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。
在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。
菌肥的质量要看其所含“有效活菌”的数量，活菌越多效果约好，特别说明要是活菌！ 云南口碑好生物菌肥强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。
基本原则：一般不能与杀虫剂、杀菌剂混用，这样容易杀***肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀***肥中的微生物。在施用前不宜久放，比较好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。
施用温度：合理施用菌肥的比较好温度为22~35℃，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如***钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。
此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。 生物菌肥在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用***，但是也有部分农户反映效果不稳定。
果园多年不施有机肥和浅施无机肥，造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢。土壤pH值发生变化。除草剂在土壤中的残留直接破坏了土壤的团粒结构使土壤中的微生物死亡。果园施用有机菌肥后，微生物被残留的除草剂等物质杀害，土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。多
果园要正确选择除草剂，既要能除草，又在土壤中残留时间短，对土壤中微生物和土壤团粒结构没有太大的破坏。重视有机肥的施用，改良土壤得3～5年。
80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。云南口碑好生物菌肥
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌***，***病原微生物的繁殖。贵阳质量生物菌肥
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。 贵阳质量生物菌肥
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