近十几年来，随着转基因技术的发展和应用，转基因斑马鱼也逐渐应用于水质监测，其对污染物的作用反应快，可在短时间内调查水污染状况或用于特定污染物的检测。将目标质粒注射到斑马鱼体内，斑马鱼经过筛选得到稳定的转基因品系，通过观察荧光蛋白可以用来快速检测不同的环境污染物：
银纳米粒子因其***作用而广泛应用于洗涤剂和废物处理领域，为了研究银纳米粒子对环境和健康的影响，来自新加坡国立大学化学系的研究者用斑马鱼作用模式生物评价了银纳米粒子对斑马鱼的毒性，结果显示银纳米粒子可造成斑马鱼胚胎死亡、体轴异常、脊索扭曲、血流减慢、心包水肿、心律不齐等：与常规物理和化学检测手段相比，应用斑马鱼进行环境监测和化学品研究能实现快速、高效、灵敏、成本低等优点。 斑马鱼实验周期短，大部分实验能够在一周内完成。西藏斑马鱼实验化妆品
心血管病
这些鱼类也主要用于研究心血管疾病，因为它们具有与人类胚胎相似的胚胎心脏结构。此外，斑马鱼的优点是能够在没有足够的心脏循环的情况下生存。
氧气进入斑马鱼胚胎，通过被动扩散到达其他组织。这种独特的特征有助于胚胎从初始阶段发育，尽管有心血管缺陷。他们在这一领域的应用的一个例子是探索炎症和心肌梗死之间的联系。
神经病学
由于人类和斑马鱼大脑中存在大量相似的信号蛋白，因此该模型也被***用于神经系统疾病的研究。几种人类神经系统疾病在这些鱼类中也有对应的疾病。
例如，独眼针头是斑马鱼的变种，它有一个较小的腹侧大脑，只有一只眼睛。这与人类疾病“无脑症”相比较，在这种疾病中，病人有一个小的大脑和一只眼睛。这种比较使得能够鉴定与这种状况相关的几个基因，例如CFC1。 湖南斑马鱼实验的可靠性斑马鱼在基础研究领域的应用。
成功除了努力还需要借助科学的方法和先进的工具。斑马鱼模型的独特优势使其能够对现有的有体外实验和哺乳动物组成的传统药物研发模式，斑马鱼既可以作为体外实验和哺乳动物实验之间的桥梁，在早期淘汰大量成***不佳的候选化合物，减少哺乳动物实验阶段的时间和费用成本。
同时，一些靠现有方法很难解决的药效和安全性评价模型可以通过斑马鱼来解决，打破实验技术方面的瓶颈和束缚；另外，利用斑马鱼模型，我们可以在一些特定靶向药物的开发上采用新的研发模式，从斑马鱼筛选开始，将活性与安全性较好候选化合物筛选出来后，同时开展体外机制研究和哺乳动物体内实验，通过这种模式，可以大幅缩短早期研发周期、节省研发成本、提高药物发现的成功率。
对斑马鱼免疫系统的研究成为人们了解非特异性免疫系统和获得性免疫系统进化与功能相互关系的重要工具。这个独特的免疫系统进化地位还赋予了斑马鱼作为免疫学研究模式生物的另一重要优势，即其成体可以在没有胸腺、淋巴细胞生成的情况下存活传代，这又是小鼠模型无法比拟的。1999年，Herbomel等在观察斑马鱼的巨噬细胞个体发育时发现，处于胚胎发育早期的斑马鱼巨噬细胞就具有对外源微生物大肠杆菌高效吞噬的能力。在受精30小时后，胚胎巨噬细胞就已经可以吞噬***局部组织中的外源微生物。系统中注射大肠杆菌后，5小时后即可在局部被斑马鱼巨噬细胞***，且此时除了***局部的30～50个活化巨噬细胞外，未接触病原体的巨噬细胞也同样表现出活化特性，这提示斑马鱼体内可能还存在与哺乳动物相类似的细胞因子或趋化因子系统。斑马鱼在化学品安全性评价。
斑马鱼与免疫学研究
斑马鱼作为免疫学新模式生物的优点在于:
（1）与传统的免疫学模式生物——小鼠相比，斑马鱼有体型小，子代数量多，培育要求低，易于养殖，饲养成本低，便于开展大规模研究。
（2）斑马鱼个体发育过程是在全透明状态下完成，使得整个心血管系统的发育过程能十分完整的被观察。特别是免疫系统个体发育的相关资料，是无法从小鼠上所进行的实验中轻易获得的。
（3）先期对斑马鱼的遗传学研究积累的丰富突变库也为研究免疫相关基因的功能提供了条件。
（4）在目前已知生物中，鱼类是**早具备获得性免疫系统的纲。这就使得对斑马鱼免疫系统的研究成为人们了解非特异性免疫系统和获得性免疫系统进化与功能相互关系的重要工具。这个独特的免疫系统进化地位还赋予了斑马鱼作为免疫学研究模式生物的另一重要优势，即其成体可以在没有胸腺、淋巴细胞生成的情况下存活传代，这又是小鼠模型无法比拟的。 斑马鱼免疫系统个体发育。天津一个斑马鱼实验
斑马鱼药物毒理学评价技术。西藏斑马鱼实验化妆品
传统药物临床前研究模式主要包括两个环节：体外实验和体内实验。体外实验（包括细胞实验、生化实验、微生物实验等）具有快速高效的优点，但是体外实验的结果与人体实验结果的可比性差。常规的哺乳类动物实验——包括老鼠、兔、犬、猪及猴子等——可提供可比度较高的筛选评估结果，但实验周期较长、成本高、审批程序复杂，严重影响药物研发的进度。斑马鱼模型既具有体外实验快速、高效、费用低等优势，又具有哺乳类动物实验预测性强、可比度高等优点，可以有效弥补体外实验和哺乳类动物实验之间的巨大生物学断层，完善现有药物研发体系。西藏斑马鱼实验化妆品
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