近十几年来，随着转基因技术的发展和应用，转基因斑马鱼也逐渐应用于水质监测，其对污染物的作用反应快，可在短时间内调查水污染状况或用于特定污染物的检测。将目标质粒注射到斑马鱼体内，斑马鱼经过筛选得到稳定的转基因品系，通过观察荧光蛋白可以用来快速检测不同的环境污染物：
银纳米粒子因其***作用而广泛应用于洗涤剂和废物处理领域，为了研究银纳米粒子对环境和健康的影响，来自新加坡国立大学化学系的研究者用斑马鱼作用模式生物评价了银纳米粒子对斑马鱼的毒性，结果显示银纳米粒子可造成斑马鱼胚胎死亡、体轴异常、脊索扭曲、血流减慢、心包水肿、心律不齐等：与常规物理和化学检测手段相比，应用斑马鱼进行环境监测和化学品研究能实现快速、高效、灵敏、成本低等优点。 斑马鱼发育毒性评价模型。湖南斑马鱼实验标准
斑马鱼模型现已在欧美国家广泛应用于人类疾病模型研究、新药筛选、药物毒性与安全性评价。目前国际上已有19个基于斑马鱼模型研发的药物（包括老药新用）已获得美国FDA的临床实验许可或上市许可，如PGE2、Lenaldekar、Thalidomide和Rosuvastatin等。诺华、辉瑞、罗氏、默克和阿斯利康等跨国医药巨头公司均通过自建或合作方式用斑马鱼进行药物早期研发，极大地推动了斑马鱼模型在药物研发应用中的标准化和规范化进度。由多个不同实验室进行的实验结果表明，斑马鱼模型对药物心血管毒性、发育毒性和胃肠道毒性等的评价结果与人体实验结果的一致性平均达到了80%以上（表2），按照欧洲选择性分析方法评价中心（ECVAM）的评价标准，大部分的预测准确率已达到了良好（75-85%）或***（85%）的水平。内蒙古斑马鱼实验中心长沙斑马鱼模型实验技术中心。
斑马鱼由于养殖方便、繁殖周期短、产卵量大、胚胎体外受精、体外发育、胚体透明，已成为生命科学研究的新宠。全球范围内有超过1500个斑马鱼实验室。利用斑马鱼，可以研究生命科学的基础问题，揭示胚胎和组织***发育的分子机理；可以构建人类的各种疾病和**模型，建立药物筛选和***的研究平台；可以建立毒理学和水产育种学模型，研究和解决环境科学和农业科学的重大问题。
目前我国有250个以上的实验室利用斑马鱼开展相关科学研究。为进一步加强国内斑马鱼研究人员之间的交流，在2011年广州举办的第二届全国斑马鱼研讨会上，包括孟安明院士在内的全国斑马鱼研究学术集体商定，今后的全国性斑马鱼会议采取“PI大会”和“研究大会”的形式交替隔年举行，并决定自今年起固定在水生所召开“全国斑马鱼PI大会”。此次举行的斑马鱼PI大会也作为国家斑马鱼资源中心在水生所揭牌后所召开的一次学术庆祝大会。
保持
首先，斑马鱼非常强壮，易于维护。由于它们是在池塘中自然发现的，它们的理想条件可以很容易地复制。
他们也很便宜；然而，它们确实需要比其他模型生物如苍蝇更多的空间。这种模式也是脊椎动物，这使它优于其他模式。
生殖
斑马鱼的繁殖力非常高，每周产数百个卵。他们也有很短的生成时间，这意味着科学家有一个永无止境的供应这种模式。这缩短了整个实验过程，并且在突变体生产中特别有用。
另一个优点是斑马鱼卵是从外部发育的，科学家可以很容易地研究它们**初的发育过程。这是一个优于其他模型，如小鼠，发展内部，因此阻碍视觉调查。 斑马鱼应用于化学品安全和环境毒理学监测领域。
斑马鱼血管生成基因如血管内皮细胞生长因子（VEGF）、an-iopoietins、ephrions及相应受体与哺乳动物功能相似，而且斑马鱼血管系统及其对调节血管新生类药物的***反应与哺乳动物类似。另外斑马鱼胚胎在血液循环系统严重缺陷的情况下仍能存活，且胚胎透明，利用血管转基因荧光斑马鱼可以在24小时以内就定量评价药物的血管形成***作用。
与传统的鸡胚尿囊膜、小鼠角膜实验相比，斑马鱼更加便捷、快速、高效，而且结果定量分析的准确度更高。
目前多个出于临床试验阶段的抗血管生成靶向候选***药如SU5416、SU6668、TNP470、SU4312和AG1478等均对斑马鱼的血管形成有***的***效果。用斑马鱼筛选发现具有血管形成***活性的中***体化合物也有很多，如靛玉红、呋喃二烯等。 斑马鱼实验环境毒理学评价。宁夏斑马鱼实验研究价值
斑马鱼肝毒性评价模型。湖南斑马鱼实验标准
心血管病
这些鱼类也主要用于研究心血管疾病，因为它们具有与人类胚胎相似的胚胎心脏结构。此外，斑马鱼的优点是能够在没有足够的心脏循环的情况下生存。
氧气进入斑马鱼胚胎，通过被动扩散到达其他组织。这种独特的特征有助于胚胎从初始阶段发育，尽管有心血管缺陷。他们在这一领域的应用的一个例子是探索炎症和心肌梗死之间的联系。
神经病学
由于人类和斑马鱼大脑中存在大量相似的信号蛋白，因此该模型也被***用于神经系统疾病的研究。几种人类神经系统疾病在这些鱼类中也有对应的疾病。
例如，独眼针头是斑马鱼的变种，它有一个较小的腹侧大脑，只有一只眼睛。这与人类疾病“无脑症”相比较，在这种疾病中，病人有一个小的大脑和一只眼睛。这种比较使得能够鉴定与这种状况相关的几个基因，例如CFC1。 湖南斑马鱼实验标准
