1.生物组织对红外光的吸收弱，对可见光吸收强。类似的，平时用手电筒照射手指，会看到手通透红亮，也是由于生物组织对长波长的红光吸收少。
2.生物组织对红外光的散射弱。因为瑞利散射的强度反比于波长λ的四次方。类似的，早晨的太阳非常红，也就是因为长波长的红光穿透力更强。
这两点共同导致长波长的红外光比可见光对生物组织的穿透能力强。与单光子显微镜（如共聚焦显微镜）相比，双光子显微镜可以使用约二倍波长的激光去激发荧光团。长波长光束散射程度低(Rayleigh Scattering)，所以穿透能力强。
双光子显微镜中，同样每个时刻只有焦平面上一个点的信号被探测，并且连焦平面外的荧光信号也不会有。进口investigator双光子显微镜光损伤
和很多伟大的科学发明一样，双光子显微镜的出现也有一点偶然，但正是那瞬间的灵感为生物科学尤其是神经科学带来了一种**性的成像技术：双光子激发荧光显微镜。
1990年初，当Winfried Denk刚从康奈尔大学博士毕业准备前往瑞士读博后时，他看了一本关于激光扫描显微镜的书，从中了解到非线性光学效应——强光和物质的相互作用。当时，Denk有同事研究生物样品中的钙离子但苦于没有强大的紫外激光器和光学元件，于是他就想到如果使用双光子吸收就能够绕开紫外，换言之，与其通过一个紫外光子激发标记的钙离子，通过两个双倍波长的可见光光子也能激发相同的荧光。 国内bruker双光子显微镜作用双光子显微镜观察到的现象证明了钙离子的增加依赖于肌体触发的钠离子作用电势。
参考维基百科 Near-infrared window in biological tissue，生物组织在近红外波段存在两个窗口,第1个近红外窗口对应波长在700nm-900nm,第二个近红外窗口对应波长在1000nm-1400nm之间。举例说明就是单晶硅对于可见光几乎是不透明的，但是对于红外波段就像是“水晶”一样通透性很好了。
因为组织对可见光区域的较强吸收和散射带来两个严重的问题
第1个是激发光的减弱，
第二个就是另外就是由于物镜本身光的光学特性，单光子激发的背景较强，所以才有共聚焦系统提高成像的分辨率；
刚好双光子在这两点具有很大的优势上面的内容基本在谈到双光子优势都会相对说明，
在实际操作中成像的深度和样品的关系很大，
双光子成像利用高亮度的荧光标记材料，已经有做到mm级别的穿透深度
双光子荧光显微镜是结合了激光扫描共聚焦显微镜和双光子激发技术的一种新技术。双光子激发的基本原理是：在高光子密度的情况下，荧光分子可以同时吸收 2 个长波长的光子，在经过一个很短的所谓激发态寿命的时间后，发射出一个波长较短的光子；其效果和使用一个波长为长波长一半的光子去激发荧光分子是相同的。
双（多）光子成像优势在于，具有更深的组织穿透深度，利用红外光，能够在层面检测极限达1mm的组织区域；因信号背景比高，而具有更高的对比度；因激发体积小，具有定点激发的特性，具有更少的光毒性；激发波长由紫外、可见光调整为红外激发，能够更加安全。 双光子显微镜的探测器,该怎么选用?
光学显微镜和电子显微镜本质的区别在于，
光学显微镜：用的是可见光
电子显微镜：用的是高频电子射波
有什么区别，在于一个基本的原理，光的衍射。。。
光波是一个有趣的东西，其中有一项，如果物体的体积小于光的波长，光一般可以绕过去，不发生明显变化。也就是说，有这个物体和没这个物体，在这种情况下，光是不会发生明显改变的。
可见光的波长（肉眼）：380～780纳米，也就是，如果比380纳米还要小的东西，用光学显微镜，无论你放大多少倍，也是看不见的。因为光绕过去了。。。光的衍射为了克服这个问题，科学家用波长更短的光去照射物体，也是就被观测物。比如10纳米级的光，这样，就能看到我们用肉眼无论如何都看不见的东西。这就是电子显微镜
多说一句，光速是不变的。光速=频率×波长。波长越短，频率越大。。频率越大，光波的能量越大。这就是为什么电子显微镜的功率越大，能看到的东西越小。颜色取决于物体能反射光的波长的长短
当你看到的物体小于较小可见光的波长，那它就是没有颜色的。。。因为颜色是肉眼对于可见光频率在大脑中的投影。。。。所以只能把他们统一变为黑白。。。没有颜色不是透明的意思，它们不是肉眼可见颜色的定义中包含的 双光子显微镜的性能得到不断地优化，结合它的特点，大致可以分成深和活两个方面的提升。国内investigator双光子显微镜
双光子显微镜使用的是高能量锁模脉冲器。进口investigator双光子显微镜光损伤
双光子显微镜为什么穿透能力强？生物组织在近红外波段存在两个窗口,第1个近红外窗口对应波长在700nm-900nm,第2个近红外窗口对应波长在1000nm-1400nm之间。举例说明就是单晶硅对于可见光几乎是不透明的，但是对于红外波段就像是“水晶”一样通透性很好了。原因有两点：
1.生物组织对红外光的吸收弱，对可见光吸收强。类似的，平时用手电筒照射手指，会看到手通透红亮，也是由于生物组织对长波长的红光吸收少。
2.生物组织对红外光的散射弱。因为瑞利散射的强度反比于波长λ的四次方。类似的，早晨的太阳非常红，也就是因为长波长的红光穿透力更强。
这两点共同导致长波长的红外光比可见光对生物组织的穿透能力强。 进口investigator双光子显微镜光损伤
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