一套完整的医院信息系统应覆盖医院运行及管理流程的各个方面和各个环节，从而形成以医院信息为基础的一套完整基础流程。它包括以财务核算为主的服务流程，包括分诊挂号系统，收费结算系统，各类医保接口；以患者就诊为主的医疗流程，包括医护工作站、手术麻醉系统、药房系统；以后勤管理为主的管理流程，包括物资、供应、制剂、膳食等辅助系统。从概念上说，医院信息系统的功能就是利用现代计算机软、硬件技术，建成一个涵盖全院各部门、各科室的数字化医院信息系统，以功能完善和流程优化为中心，加速医院内部各种信息的传递、开发和利用，为医院管理和科学决策提供依据。医院业务对于信息系统的依赖是不容置疑的。医院信息系统是医学信息学的一个重要分支。山东医院医保工作站
医院信息系统应具备以下基本功能：（1）收集并长久存储医院所需全部数据。（2）由于医院信息尤其是病人信息具有动态数据结构和数据快速增加的特性，医院信息系统应具有大容量的存储功能。（3）数据共享。（4）要能快速、准确地随时提供医院工作所需要的各种数据，支持医院运行中的各项基本活动。（5）具有单项事务处理、综合事务处理和辅助决策功能。（6）具备数据管理和数据通信的有效功能，确保数据的准确、可靠、保密、安全。（7）为了保证医疗活动和医院动作不间断地运转，系统应具备持续运行的功能。（8）具有切实有效的安全、维护措施，确保系统的安全性。（9）具备支持系统开发和研究工作的必要软件和数据库。（10）具有良好的用户环境，终端用户的应用和操作应简单、方便、易学、易懂。（11）系统具有可扩展性。南京数字化医院临床护士一体化工作站医院信息系统可以节约诊治成本。
医院信息系统必须具备对信息的传递功能。HIS是在全院范围的大规模的网络环境上运行的一个整体，各个部门、各个子系统在系统上处理自身的业务，实现自身的功能时，时刻都在为系统提供各种各样的信息，又时刻都从系统得到各种各样的信息，也就是说，系统时时刻刻都在进行着数据信息的传输。信息的传递问题解决的不好，经常成为系统运行效率的瓶颈。传递信息时，要考虑传递量、传递方式、传递速度等问题。所以信息的传递是与信息的存储、系统的结构结合在一起统筹考虑的。
医院信息系统在医院信息化管理中的应用意义是什么？软件实现标准化：信息标准化是信息集成化的基础和前提，把软件的标准化建设作为医院与国内外接轨的重要保证贯穿始终。包括采用国际或国家统一的信息交换和接口标准和接口代码，如采用HL7、DICOM3.0等医疗信息交换和接口标准，各种代码如疾病、药品和诊疗等代码，采用国际或国家统一的标准代码，医院内部的病人ID号也应尽量采用统一的代码，如身份证号码等。建设医院信息系统一般都必须经过几个基本的阶段：准备项目计划书；选择软件及软件供应商、硬件及网络集成商和合作伙伴；需求分析；系统设计与软件客户化；数据准备与装入；系统测试；用户培训、系统上线与维护。医院信息系统必须具备存储信息的功能。
医院管理信息系统是医院现代化管理的重要工具和手段，是医院深化变革、强化管理、提高效益、和谐发展的重要保障，对提高医疗质量、促进资源共享、扩展信息服务、支撑教学研究、提高医院竞争力等具有重要的意义。其中，较主要体现在：1 优化工作流程； 2 提高运营质量； 3 缩短诊疗周期； 4强化科学管理； 5 节约诊治成本； 6 改变决策方式。总之，通过医院管理信息系统的实施，可以有效促进医院信息化建设，实现医院内部管理一体化、员工工作高效化、部门协作关系简单化、科室收益透明化、患者费用清单化、诊疗信息电子化，使医疗服务过程更加高效、有序、规范，给医院和患者带来全新的诊疗环境和更加完善的医疗服务。医院管理信息系统对促进资源共享具有重要的意义。南京数字化医院临床护士一体化工作站
医院信息系统可以缩短诊疗周期。山东医院医保工作站
医院信息系统实践性很强：它的研究对象是信息技术以及信息技术与管理业务的结合，而信息来源于医院内部和错综复杂的社会环境的各个方面，信息输出也同样要求有千变万化的方式和去向。它的应用对象是管理、医疗、护理、科研、教学、卫生经济、药品物资等医院方方面面的工作人员。医院信息系统是一个完整的基于数据库的系统。医院信息系统与众多学科相关：医院信息系统与众多学科紧密联系而又相对单独，并逐渐形成一门新学科。它的主要目的在于如何在医院的各项活动中有效地利用信息技术，因此，必须将相关学科有关理论和方法融于医院信息系统之中。山东医院医保工作站
