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聚合酶链反应的常见问题分析与解决方法：反应缓冲液未完全融化或未充分混匀。确保反应缓冲液融化完全并彻底混匀。引物特异性差。利用BLAST检查引物特异性或重新设计引物。引物量过多。减少反应体系中引物的用量。模板量过多。质粒DNA的用量应<50ng，而基因组DNA则应<200ng。外源DNA污染。确保操作的洁净。阴性对照出现条带：试剂，头，工作台污染。使用全新的试剂和头，对工作台进行清洁。条带大小与理论不符：污染。使用全新的试剂和头，对工作台进行清洁。模板或引物使用错误。更换引物和模板。基因亚型。对研究的基因进行序列分析和BLAST研究。像所有酶一样，DNA聚合酶也容易出错，这反过来会导致产生的PCR片段发生突变。上海组织荧光PCR网站

聚合酶链式反应：RNA和DNA的五碳糖，前者比后者多了一个O，由于多出来的O原子造成了RNA和DNA的碱基不同，即O原子造成U和T的不同，U分子化学式C4H4N2O2，T胸腺嘧啶化学式C5H6N2O2，现在将两个分子式进行对比，U比T多了CH2，结合前面的核糖区别，还有一个O分子，其余结构相同，那么O和CH2之间的联系是什么?是什么导致DNA和RNA的区别是RNA比DNA多了O和CH2？或者说如何将病毒的碱基中U变成DNA碱基中的T？若从结构上说，直接从U中加入一个CH2，得到了T，这里面介入化学键的断裂和重组，但是这样一来的话，即使U变成了T，但是核糖依旧是RNA比DNA多了一个O分子，只是此时结构是某分子=核糖（C4H9O4CHO）+碱基（A T G C），形成了RNA的五碳糖+DNA的碱基这种分子了。此时将这种分子导入受体细胞（亦或者蛋白质）中，表达的性质一定不同于病毒表达的性质。上海组织荧光PCR网站聚合酶链反应是一种非常强大和实用的研究工具。

聚合酶链反应：多重连接依赖探针扩增（MLPA):允许用单个引物对扩增多个靶标，从而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶链反应:由单个PCR混合物中的多个引物组组成，以产生对不同DNA序列特异的不同大小的扩增子。通过同时靶向多个基因，可以从单次测试中获得额外的信息，否则将需要几次试剂和更多时间来执行。每个引物组的退火温度必须优化，以在单个反应中正确工作，并符合扩增子尺寸。也就是说，当通过凝胶电泳可视化时，它们的碱基对长度应该足够不同以形成不同的条带。

聚合酶链式反应是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法，故又称为基因的体外扩增法。PCR技术类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR能快速特异扩增任何已知目的基因或DN段，并能轻易在皮克(pg)水平起始DNA混合物中的目的基因扩增达到纳克、微克、毫克级的特异性DN段。因此，PCR技术一经问世就被迅速而较广地用于分子生物学的各个领域。　异常结果： 各种疾病所致的异常，例如梅毒。一期梅毒。即硬下疳 ，潜伏期2-4周，外生殖器部位发生暗红色硬肿块 、浅溃疡 ，有软骨样硬度，周围淋巴结肿大。二期梅毒。在一期梅毒 1-2 个月之后，全身皮肤、粘膜发生对称泛发皮疹、斑疹、、疹等。粘膜可发生粘膜斑、扁平湿疣，传染性强。三期梅毒。发生在染上后2-3年乃至10年，皮肤为树胶样肿，还可涉及骨、关节、心、血管，表现为主动脉炎、主动脉瓣闭锁不全和主动脉瘤等，侵及神经为脊髓痨 ，全身麻痹 ( 麻痹性痴呆 )等等。　需要检查的人群：疑似某种特定的疾病病人，进行分子特异性检查。聚合酶链反应非常敏感，有可能产生数百万到数十亿份特定产品的拷贝，用于测序、克隆和分析。

聚合酶链式反应的试验污染：PCR扩增产物污染：这是PCR反应中很主要很常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大（一般为1013拷贝/ml），远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可形成假阳性。还有一种容易忽视，很可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染。在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样的反复吸样都可形成气溶胶而污染。据计算一个气溶胶颗粒可含48000拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。为了很大限度地减少污染的可能性，调查人员应该为试剂制备、聚合酶链反应和产品分析预留单独的房间。上海骨头定量PCR应用

重叠延伸聚合酶链反应可以创造特定的长DNA构建体。上海组织荧光PCR网站

聚合酶链反应：嵌套聚合酶链反应:通过减少DNA非特异性扩增的背景，提高DNA扩增的特异性。两组引物用于两个连续的PCR。在个反应中，一对引物用于产生DNA产物，除了预期的靶之外，该产物可能仍然由非特异性扩增的DN段组成。然后用一组引物将产物用于第二次聚合酶链反应，所述引物的结合位点完全或部分不同于次反应中使用的每个引物，并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特异性扩增长DN段方面通常比传统PCR更成功，但它需要更详细的目标序列知识。重叠延伸聚合酶链反应或者通过重叠延伸拼接(SOEing):一种用于将两个或多个含有互补序列的DN段拼接在一起的基因工程技术。它用于连接含有基因、调节序列或突变的DN段；这项技术可以创造特定的长DNA构建体。它还可以将缺失、插入或点突变引入DNA序列。上海组织荧光PCR网站

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