荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、**基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记**常用的染料有异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)、藻红蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。Super Flour 系列在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3, Cy5, Cy5.5, Cy7等荧光染料。中国香港外泌体荧光染料
DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。当与细胞膜结合后其荧光强度**增强，这类染料有着很高的淬灭常数和激发态寿命。一旦对细胞染色，这类染料在整个细胞膜上扩散，比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。它们的荧光颜**分明显：DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）这使得他们可以用来对活细胞进行多色成像和流式分析。DiI和DiO可以分别用标准的 FITC和TRITC的滤光片。DiD可以用 633 nm He–Ne 激光器激发，有着比DiI更长的激发波长和发射波长，在细胞和组织染色中更有价值。 DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在***成像中用来示踪。青海荧光染料激发SUPER Green I核酸染料特点 。
本质上，有机染料的特征在于源自在整个生色团上离域的光学跃迁或源自分子间电荷转移跃迁（从激发电子态的分子内电荷转移）的发射。在这里，表现出源自在整个生色团上离域的光学跃迁的发射的染料被称为共振染料（介观染料），而后者被称为CT染料（电荷转移染料）。花青、罗丹明和荧光素是一些最常见的共振染料，其特点是窄的吸收和发射带（略微结构化），往往相互镜像，以及小的、对溶剂极性不敏感的斯托克斯位移。另一方面，CT染料包括香豆素和丹磺酰荧光团等染料，其特点是与共振染料相比，吸收和发射带结构无结构，分离良好，以及更大的斯托克斯位移。同样，与共振染料相比，CT染料具有更小的摩尔吸收系数和荧光量子产率。对于共振和CT荧光染料，在结构-性质关系众所周知的情况下，可以通过精心设计的策略来微调光谱性质。
一种发光杂环化合物，存在于生物发光的生物体中，如萤火虫。在含有三磷酸腺苷的情况下，通过荧光素酶氧化脱羧产生光。可用于荧光素酶生物发光成像和细胞高通量筛选应用。D-荧光素（D-Luciferin）是萤火荧光素酶底物，其量子效率为0.88，是Luminol的20倍。反应原理：首先，在镁离子存在下荧光素酶使荧光素与ATP反应，接着它被氧化形成二氧杂环丁烷结构并发出黄绿色的光。Luciferin-luciferase发光用于ATP监控以测定细胞活力以及细菌计数。它还用于报告基因检测。可与小动物***成像系统配套使用，用于标记LUC基因后的体内***荧光检测。D-荧光素游离酸（D-Luciferin,freeacid）、D-荧光素钾盐（D-Luciferin,potassiumsalt）和D-荧光素钠盐（D-Luciferin,sodiumsalt），钾盐、钠盐的形式是**通用的，因为它们都易溶于水。钾盐也是***动物检测使用的主要形式。它们的激发和发射波长分别为328nm和533nm。罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。
Hoechst33342是一种可透过细胞膜并对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放强烈的蓝色荧光。Hoechst33342常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。Hoechst33342-DNA的激发和发射波长分别为350nm和460nm。可溶于水。4.染色程序：（1）用PBS或合适的缓冲液制备10～50µMHoechst33342染料。（2）将1/10细胞培养基体积的Hoechst染料溶液加入细胞培养物中（可以用1/10浓度的Hoechst染料缓冲液代替培养基）。（3）在37℃培养细胞10～20分钟。（4）用PBS或合适的缓冲液洗细胞两次。（5）用带有350nm激发波长，460nm发射波长的滤光片的荧光显微镜观察细胞。D-荧光素钾盐小动物成像。四川荧光染料IR825
D-荧光素钾盐荧光染料。中国香港外泌体荧光染料
SUPERGreenI（10,000×DMSO溶液，电泳级）储存条件及注意事项4℃避光可保存12个月。本品用DMSO溶解，因DMSO的熔点是18.5℃，使用前请放置到室温充分溶解。SUPERGreenI核酸染料特点●无毒性：属花菁类染料，容易生物降解，无致*毒性。●灵敏度高：至少可检出20pgDNA，高于EB染色法25～100倍。●信噪比高：样品荧光信号强，背景信号低。●操作简单：无须脱色或冲洗，即可直接用紫外凝胶透射仪或可见光透射仪观察。●适用范围广：可适用于多种凝胶电泳方法：琼脂糖凝胶、聚丙烯酰胺凝胶电泳、脉冲电场凝胶电泳和毛细管电泳等。●使用方便：对分子生物学中常用的酶（如：Taq酶、反转录酶、内切酶、T4连接酶等）没有抑制作用。●经济：价格比银染便宜。中国香港外泌体荧光染料
