亲和层析以其极高的特异性著称，被誉为“一步纯化”的利器。填料上的配基与目标蛋白之间存在专一性、可逆的生物相互作用。经典的例子是Protein A/G/L填料用于抗体纯化，它们能特异性结合抗体的Fc区域。其他例子包括：固定化金属离子亲和层析（IMAC，常用Ni²⁺）纯化带组氨酸标签的重组蛋白；凝集素填料（如Con A）用于糖蛋白纯化；以及酶-底物、受体-配体等特异性配对。尽管成本较高，但亲和层析能在一步内获得高纯度产品，是许多生物制药工艺流程中的关键捕获步骤。纳米抗体因其小尺寸，需要匹配的填料以实现有效纯化。单抗纯化用分离填料
离子交换层析填料是常用、基础的纯化工具之一。其原理基于目标蛋白与填料表面带相反电荷的离子交换基团之间的静电相互作用。根据所带电荷性质，主要分为阴离子交换填料（如DEAE、Q基团）和阳离子交换填料（如CM、SP基团）。通过调节样品缓冲液的pH值和离子强度，可以精确控制结合与洗脱：通常在低离子强度下结合，用逐步提高或线性梯度的盐溶液（如NaCl）进行洗脱。此类填料载量高、成本相对较低、适用范围广，常用于初期捕获和中间纯化步骤，能有效去除大量杂蛋白、核酸。层析树脂价格亲和填料的洗脱通常较剧烈，可能影响蛋白活性需注意。
磁性层析填料将功能配基包覆在Fe₃O₄超顺磁微球表面，尺寸50 nm-5 μm，通过外加磁场实现快速分离，无需装柱和离心。Ni-NTA磁性琼脂糖珠和Protein A磁珠已商业化，载量10-40 mg/mL。优势在于操作极快速（分离时间<1分钟），样品处理量灵活，特别适合高通量筛选和难澄清样品（如细胞裂解液）。缺点是一次性使用成本高，放大困难，且磁场均匀性影响分离效率。主要应用于实验室平行筛选、瞬时表达快速纯化以及样品前处理。在自动化工作站中可实现96通道同时操作，是结构生物学和抗体发现平台的理想工具，但在生产规模应用仍限于特殊场景。
无论何种填料，装填质量直接决定分离效果。评价指标包括：理论塔板数（N）应>5000/m，不对称因子（As）在0.8-1.5之间，HETP（理论塔板高度）与柱径比应<3。反压测试评估填料机械稳定性，或NaCl脉冲测试测定柱效。轴向压缩装柱（Axial Compression）保证柱床均匀，床高变异<2%。现代填料提供装柱标准操作程序（SOP）和扫描电镜质控标准。预装柱虽方便但需确认批次间一致性。在cGMP生产中，装柱验证是工艺验证（PPQ）的关键部分，需执行三次连续成功装柱并进行6个月稳定性考察。正确的装填能使普通填料发挥性能，错误的装填则浪费质量填料，体现了"三分填料，七分装填"的行业智慧。实验室规模纯化常用重力流柱，简便但分离时间较长。
填料的基质材料是决定其物理化学性能的基础。传统软胶如琼脂糖（Sepharose）和葡聚糖（Sephadex），具有亲水性强、生物相容性好的优点，但机械强度低，不耐高压，主要用于低压层析。刚性基质如交联的琼脂糖（如Sepharose FF）、合成聚合物（如聚甲基丙烯酸酯、聚苯乙烯-二乙烯基苯）以及无机材料（如二氧化硅），具有高机械强度，能够耐受更高流速和压力，适用于中高压层析系统和工业化生产。新型高流速琼脂糖介质通过高度交联，在保持高载量的同时获得了的流速性能。肝素填料模仿肝素结构，常用于纯化凝血因子和DNA结合蛋白。湖北纯化树脂厂家批发
压力-流速曲线是评估填料机械强度的重要指标。单抗纯化用分离填料
亲和标签对应的特异性填料是重组蛋白纯化的介质，其设计原理是基于重组蛋白所携带的亲和标签与填料表面配体的特异性结合。目前常用的亲和标签包括组氨酸标签（His-tag）、谷胱甘肽S-转移酶标签（GST-tag）、麦芽糖结合蛋白标签（MBP-tag）、Flag标签等，对应的特异性填料分别为金属螯合亲和填料、谷胱甘肽亲和填料、麦芽糖亲和填料、Flag抗体亲和填料等。这类填料的优势在于特异性极强，可直接从复杂的细胞裂解液中一步富集目标蛋白，纯化倍数可达数百倍，大幅简化了纯化流程，提高了纯化效率。同时，亲和标签可通过酶切去除，获得天然结构的目标蛋白，因此在重组蛋白的科研和生产中得到广泛应用。单抗纯化用分离填料
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